Het aantal plantensoorten in het Balkan schiereiland wordt geschat op ruim 6500, een hoeveelheid die tal van endemische soorten bevat die de laatste ijstijd hebben overleefd. Langs de Montenegrijnse kust zijn de typische Mediterraanse boomsoorten te vinden zoals Aleppoden (Pinus halepensis), Steeneik (Quercus ilex), Italiaanse cipres (Cupressus sempervirens) en Olijfbomen (Olea europaea), de bodem samen delend met talrijke Maquis struiken. Op de steile berghellingen en karstoppervlakten veranderd dit snel in soorten zoals de Donzige eik (Quercus pubescens), Hulsteik (Quercus coccifera), Europese hopbeuk (Ostrya carpinifolia) en Garrigue begroeiing.
Bloeiende planten in deze gebieden zijn Tijm (Thymus striatus), Echte salie (Salvia officinalis) en verschillende soorten krokussen. De bloemen flora van Montenegro is één van de meest uiteenlopende van de wereld voor een subtropisch gebied van deze grote. Onder de endemische soorten die in dergelijke gebieden voorkomen zijn de Moltkia petraea, Petteria ramentacea, Globularia cordifolia, Lonicera glutinosa en Dalmatische pyrethrum ook wel bekend zijnde als ‘Dalmatisch poeder’.
In het binnenland, worden de lagere delen van de valleien en ravijnen gekenmerkt door loofbossen, waaronder de Es (Fraxinus excelsior) en verschillende soorten Eik. In de hoger gelegere delen gaat de vegetatie steeds meer bestaan uit Beuken (Fagus silvatica) en daarna Coniferen. Kloven kunnen ook een aantal Tertiaire planten relikwieën bevatten. De berghellingen van het binnenland van Montenegro worden gedomineerd door naald-, beuken- of gemengd bos. Soorten omvatten de Fijnspar (Picea abies), Gewone zilverspar (Abies alba), Aleppoden (Pinus halepensis), Beuk (Fagus silvatica), Ruwe Berk (Betula Pendula) en Esdoorn (Acer heldreichii). Zwarte dennen (Pinus nigra), en de grote Bosnische den (Pinus heldreichii) met zijn subsoorten (Pinus leucodermis), worden er ook gevonden. Rijke subtropische alpenweiden en graslanden strekken zich boven de boomgrens uit, evenals kreupelhout gebieden, soms met talrijke jeneverbessen.
Bovenste berghellingen worden gekenmerkt door harde, kleine dikke dwergpijnbomen (Pinus mugo), die lokaal bekend staan als Klek, en boven de kale rotsbodems uitsteken. De hoge graslanden zijn rijk aan bloemen zoals Vleugeltjesbloemen (waaronder Polygala major), Bloemklokjes (waaronder Linum capitanum), Viooltjes (Viola calcarata) en Gentianen (waaronder Gentiana acaulis en Gentiana utriculosa), samen met Steenbreek (Saxifraga adscendens), Zwarte vanilleorchis orchidee (Nigritella nigra) en verschillende soorten salie en tijm. Bosbessen groeien in overvloed in de zomermaanden.
In de meest rotsachtige gebieden en op puinhellingen zijn er soorten Valeriaan (Valeriana Montana), Boterbloemen (Ranunculus sartorianus), Alpenleeuwenbekjes (Linaria alpine), Alpenscheefkelk (Arabis alpina) en Anjers (Drypis spinosa) te vinden. Sneeuwklokjes (Soldanella alpina) en Zilverkruid (Dryas octopetala) worden gevonden op en onder de smeltende sneeuwvlaktes. Bloemen die endemisch en meest opmerkelijk zijn en in kleine aantallen in Montenegro en aangrenzende gebieden voorkomen zijn uit de helmkruidfamilie de Verbascum durmitoreum, uit de composietenfamilie de Centaurea kotschyana en uit de schermbloemenfamilie de Pimpinella serbica.
